Ερευνητική υποδομή ELIXIR-GR
Οι βιοεπιστήμονες στην Ελλάδα έχουν πλέον στη διάθεσή τους μια πρόσθετη επιλογή για την εξυπηρέτηση των υπολογιστικών τους αναγκών και τη φιλοξενία των ηλεκτρονικών υπηρεσιών που παρέχουν: το υπολογιστικό Νέφος HYPATIA της ερευνητικής υποδομής ELIXIR-GR, στην οποία συμμετέχουν οι κυριότεροι ερευνητικοί οργανισμοί και πανεπιστήμια της Ελλάδας με σημαντική δραστηριότητα στις Βιοεπιστήμες. Το Νέφος ονομάστηκε έτσι προς τιμήν της Υπατίας, της φιλοσόφου και επιστήμονα που έζησε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου μεταξύ 370 και 415 μ.Χ.
Οι υπολογιστικοί πόροι του Νέφους “HYPATIA” βασίζονται σε μια ισχυρή συστάδα ετερογενών υπολογιστών συνολικά 1.500 πυρήνων που εξυπηρετούν μεγάλο αριθμό βάσεων δεδομένων και εργαλείων αναλύσεων. Η ετερογένεια αυτή αφορά στις διαφορετικές προδιαγραφές (π.χ. επεξεργαστική ισχύς, διαθέσιμη μνήμη) και τις ειδικές δυνατότητες (π.χ. υποστήριξη κάρτας γραφικών ή δίσκων τεχνολογίας SSD) που διαθέτουν οι κόμβοι της συστάδας, ώστε να υποστηρίζουν με τον βέλτιστο τρόπο τις ιδιαίτερες ανάγκες των υπολογιστικών πειραμάτων και υπηρεσιών που εξυπηρετούν. Ο εξοπλισμός και η αντίστοιχη πλατφόρμα διαχείρισης υπολογιστικών και αποθηκευτικών πόρων συντηρούνται και υποστηρίζονται από το Εθνικό Δίκτυο Υποδομών Τεχνολογίας και Έρευνας (ΕΔΥΤΕ Α.Ε. – GRNET), φορέα του Υπουργείου Ψηφιακής Διακυβέρνησης, και το Ερευνητικό Κέντρο “Αθηνά”, αντίστοιχα. Ο εξοπλισμός φιλοξενείται σε κέντρα δεδομένων της ΕΔΥΤΕ.
Στην “HYPATIA” φιλοξενούνται ήδη, μεταξύ άλλων, η Εθνική διαδικτυακή πύλη δεδομένων Covid-19 (https://covid19dataportal.gr/) και η πλατφόρμα για επεξεργασία δεδομένων GALAXY (https://elixir-greece.org/node/262) που προσφέρεται και για την ανάλυση μοριακών δεδομένων Covid-19.
Η προμήθεια και εγκατάσταση του αντίστοιχου εξοπλισμού, όπως επίσης και η ανάπτυξη της αντίστοιχης πλατφόρμας διαχείρισης χρηματοδοτήθηκε από την Πράξη «ELIXIR-GR: Η Ελληνική Ερευνητική Υποδομή για Διαχείριση και Ανάλυση Δεδομένων στις Βιοεπιστήμες (κωδικός ΟΠΣ: 50002780)» του Επιχειρησιακού Προγράμματος “Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ)” (ΕΣΠΑ 2014-2020). Ο ελληνικός κόμβος ELIXIR-GR συντονίζεται από το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ» και αριθμεί 16 Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Κέντρα, και την ΕΔΥΤΕ.
Ο Συντονιστής της Δράσης, Ομότιμος Καθηγητής Μπάμπης Σαββάκης, δήλωσε: “Το υπολογιστικό Νέφος “HYPATIA” θα αποτελέσει ένα εξαιρετικά χρήσιμο εργαλείο για τη βιοϊατρική έρευνα στη χώρα και θα μας συνδέσει με τις υπολογιστικές υποδομές του ELIXIR στις άλλες Ευρωπαϊκές χώρες. Πρόκειται για επένδυση περίπου 1,2 εκ. ευρώ που έγινε στο πλαίσιο του Οδικού Χάρτη για τις Ερευνητικές Υποδομές της Γενικής Γραμματείας Έρευνας και Καινοτομίας. Ευχαριστώ τα στελέχη του “ΑΘΗΝΑ” και της ΕΔΥΤΕ για την υλοποίηση του έργου και τους εταίρους της Δράσης ELIXIR-GR για τη συμβολή τους στην επιτυχή λειτουργία του Ελληνικού Κόμβου της Ευρωπαϊκής Ερευνητικής Υποδομής ELIXIR.”
Ο Επικεφαλής του Ελληνικού Κόμβου ELIXIR-GR, Δρ. Martin Reczko, δήλωσε: “Η δημιουργία του Νέφους “HYPATIA” αποτελεί μια σημαντική εξέλιξη για τις Βιοϊατρικές Επιστήμες στην Ελλάδα. Αποσκοπεί στη δωρεάν χρήση υπολογιστικών πόρων από τους φορείς της κοινότητας ELIXIR-GR και τα μέλη της ευρύτερης κοινότητας των βιοεπιστημόνων στην Ελλάδα, και αναμένεται να μειώσει το κόστος διαχείρισης και συντήρησης υπολογιστικών πόρων, δίνοντας την ευκαιρία στους χρήστες (βιοεπιστήμονες, πληροφορικούς, στατιστικολόγους κ.α.) να επικεντρωθούν στην έρευνα και την ανάπτυξη υπηρεσιών προστιθέμενης αξίας. Το Νέφος παρέχει ευέλικτους και ασφαλείς υπολογιστικούς πόρους για ερευνητές με αυξημένες απαιτήσεις και διευκολύνει την κοινή χρήση κώδικα και δεδομένων”.
Για την εξοικείωση των ερευνητών με την πλατφόρμα έχει προγραμματιστεί σειρά ανοικτών διαδικτυακών σεμιναρίων (webinars), το πρώτο από τα οποία θα πραγματοποιηθεί την Τετάρτη 15 Σεπτεμβρίου 2021 στις 17:00. Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να εγγραφούν στο σεμινάριο εδώ.
